När undersökningen görs får man ligga på rygg medan läkaren sakta för in cystoskopet genom urinröret upp till urinblåsan. Det brukar inte göra ont men kan upplevas som lite obehagligt. En cystoskopi tar ungefär fem minuter men med förberedelser och samtal före och efter undersökningen kan man räkna med att det tar en halvtimme.